เมื่อประเทศญี่ปุ่นต้องเผชิญหน้ากับโคตรไคจูที่ออกอาละวาดทำลายล้างมานานหลายทศวรรษ จนกระทั่งมันได้สิ้นใจนอนตายในสภาพขาชี้ฟ้า ทำให้งานนี้รัฐบาลจึงต้องหาทางกำจัดซากของมันให้ได้โดยด่วนที่สุด ก่อนที่แก๊สระเบิดจากซากไคจูจะกลายเป็นหายนะที่อาจทำให้ทั้งเกาะญี่ปุ่นจมลงก้นทะเล