ในช่วงปิดเทอมฤดูร้อน โนบิตะและเพื่อนๆ มีความเห็นไม่ตรงกันเรื่องสถานที่ไปตั้งแคมป์ โดราเอมอนจึงเสนอให้ไปตั้งแคมป์กันที่ใจกลางมหาสมุทรซะเลย! ทั้ง 5 คนได้ใช้ของวิเศษอย่าง "รถบั๊กกี้ใต้น้ำ" และ "ไฟฉายปรับสภาพ" เพื่อสนุกสนานไปกับการตั้งแคมป์ใต้ทะเล พร้อมกับได้พบเจอสิ่งมีชีวิตต่างๆ มากมาย

 

การบังเอิญไปพบกับซากเรืออับปางเป็นจุดเริ่มต้นที่ทำให้พวกเขาได้พบกับ "เอล" ชายหนุ่มปริศนา ซึ่งแท้จริงแล้วเขาคือ "มนุษย์ใต้บาดาล" ที่อาศัยอยู่ใน <สหพันธรัฐมู> อาณาจักรที่กว้างใหญ่ไพศาลอยู่ใต้ท้องทะเล!

 

ทว่ามนุษย์ใต้บาดาลนั้นรังเกียจมนุษย์บนบกเป็นทุนเดิม จึงไม่ยอมเชื่อใจพวกโนบิตะ ในระหว่างนั้นเอง ก็มีข่าวแจ้งเข้ามาว่า "ปราสาทหินปีศาจ･･･ เริ่มเคลื่อนไหวแล้ว!!"

"ปราสาทหินปีศาจ" ที่ชาวใต้บาดาลหวาดกลัวนั้น แท้จริงแล้วมันคืออะไรกันแน่･･･?

 

ด้วยหัวใจที่เชื่อมั่นในเพื่อนพ้อง การผจญภัยครั้งยิ่งใหญ่ที่มีชะตากรรมของโลกเป็นเดิมพัน ได้เริ่มต้นขึ้นแล้ว!