ณ ดินแดนบรรพกาลอันศักดิ์สิทธิ์ซึ่งถูกแบ่งแยกออกเป็น 2 อาณาจักร สุบรรณคีรี นครแห่งครุฑ และ นาคนคร นครแห่งนาค สองเผ่าพันธุ์เข่นฆ่าทำสงครามกันมาหลายชั่วกัปชั่วกัลป์จนไม่มีผู้ใดจดจำได้อีกว่าต้นกำเนิดของความอาฆาตนั้นเริ่มต้นจากสิ่งใด เหลือเพียงความแค้นที่ถูกส่งต่อจากรุ่นสู่รุ่น และสงครามที่ไม่มีวันสิ้นสุด

 

ท่ามกลางสมรภูมิอันนองเลือด “ราเชนทร์” แม่ทัพหนุ่มแห่งสุบรรณคีรี กลับตกหลุมรัก “อัญญานี” ราชธิดาและแม่ทัพหญิงแห่งนาคนคร ศัตรูผู้ซึ่งเขาควรปลิดชีวิต เขายอมถอนทัพกลางศึกเพื่อรักษาชีวิตนาง แต่กลับต้องแลกด้วยการถูกตราหน้าว่าเป็นผู้ทรยศต่อแผ่นดิน ขณะที่อัญญานีเองก็ต้องเลือกระหว่างหน้าที่ในฐานะองค์ราชธิดากับหัวใจที่มิอาจหวั่นไหวต่อศัตรูได้

 

เมื่อ “ไภยรัญ” องค์ชายนาคถูกจับกุมในดินแดนครุฑ ราเชนทร์ยอมเดิมพันด้วยชีวิต ลอบเข้าไปช่วยเหลือศัตรูตามคำขอของหญิงอันเป็นที่รัก ทว่าแผนการกลับล้มเหลว ไภยรัญสิ้นพระชนม์ และความสูญเสียครั้งนั้นได้จุดชนวนให้มหาสงครามครั้งสุดท้ายอุบัติขึ้น ทั้งสองอาณาจักรประกาศล้างเผ่าพันธุ์กันจนกว่าจะเหลือเพียงผู้ชนะ

 

ภายใต้เค้าลางแห่งหายนะ อัญญานีได้พบ นายิกี แม่เฒ่าผู้หยั่งรู้ ซึ่งเปิดเผยความจริงที่ถูกปิดซ่อนไว้มานับพันปี ว่าสงครามระหว่างครุฑและนาคมิได้ถือกำเนิดจากความเกลียดชัง หากเกิดจากคำสาปแห่งรักของครุฑหนุ่มและนาคสาวผู้พลัดพราก ความรักของราเชนทร์และอัญญานีจึงอาจเป็นทั้งกุญแจที่ปลดเปลื้องคำสาป… หรือโศกนาฏกรรมบทใหม่ที่ต้องซ้ำรอยอดีต

 

เมื่อมหาสงครามเปิดฉากขึ้น กองทัพครุฑและนาคเข้าประหัตประหารกันอย่างดุเดือด ขณะที่แม่ทัพทั้งสองจำต้องยกอาวุธเข้าหาคนที่ตนรัก และในห้วงเวลาที่ทุกชีวิตกำลังจะถูกกลืนหายไปกับเปลวเพลิงแห่งสงคราม ความจริงจากอดีตกาลก็ปรากฏขึ้น นำไปสู่การตัดสินใจครั้งสำคัญที่จะเปลี่ยนชะตาของสองเผ่าพันธุ์ไปตลอดกาล

 

มหากาพย์โรแมนติกแฟนตาซีที่หลอมรวมตำนานครุฑและนาคเข้ากับเรื่องราวของความรัก ปาฏิหาริย์ และสงครามอันยิ่งใหญ่ สู่การอุบัติของตำนานบทใหม่แห่ง “ครุฑานาคี” ตำนานที่จะถูกเล่าขานสืบไปตราบชั่วกาลปาวสาน