ในขณะที่ประชาชนกำลังตื่นเต้นกับการออกธนบัตร 10,000 เยนใหม่ที่มีลาย "หอคอยโตโตะ" โคนันและกลุ่มนักสืบรุ่นเยาว์ พร้อมด้วยศาสตราจารย์อากาสะ รัน และโซโนโกะ ได้ไปเยี่ยมชมโรงงานพิมพ์ธนบัตรแห่งประเทศญี่ปุ่นที่เมืองนากาโนะ ในขณะเดียวกัน ที่สถานีตำรวจนครบาล ผู้กำกับคุโรดะ เมงุเระ ซาโตะ ทาคากิ และสมาชิกคนอื่นๆ ของกองสืบสวนที่ 1 รวมถึงคาซามิ ยูยะ และสมาชิกคนอื่นๆ ของกรมรักษาความปลอดภัยสาธารณะ ได้มารวมตัวกัน ซาโตมิ โทโกะ เจ้าหน้าที่ตรวจสอบเอกสาร พบว่าธนบัตร 10,000 เยนรุ่นใหม่ที่พบในคดีฆาตกรรมที่ซาโตะและทาคากิกำลังสืบสวนอยู่นั้นเป็นธนบัตรปลอม จึงได้มีการจัดตั้งศูนย์บัญชาการสืบสวนขึ้น เนื่องจากธนบัตรปลอมนี้เป็นธนบัตรปลอมฉบับที่ 30 ที่พบในญี่ปุ่น คดีนี้จึงถูกตั้งชื่อเล่นว่า "คดีหมายเลข 30" และธนบัตรปลอมนั้นถูกตั้งชื่อว่า "อัลตร้า 30" ท่ามกลางความสับสนวุ่นวายของประชาชนหลังจากมีรายงานข่าวที่ไม่เคยเกิดขึ้นมาก่อนเกี่ยวกับการหมุนเวียนของธนบัตรปลอมรุ่นใหม่ โคนันและเฮจิจึงมุ่งหน้าไปยังโรงงานในโอซาก้าที่เชื่อว่าเป็นที่พิมพ์ธนบัตรปลอมเหล่านั้น ในขณะเดียวกัน การสืบสวนก็ขยายไปยังโรงงานผลิตธนบัตรอื่นๆ

 

นอกโอซาก้า ที่โรงงานผลิตธนบัตรแห่งหนึ่งบริเวณชายแดนระหว่างจังหวัดชิซูโอกะและคานากาวะ โยโกมิโซะ ซังโกะ เจ้าหน้าที่ตำรวจจังหวัดชิซูโอกะ และโยโกมิโซะ ชิเกโอะ เจ้าหน้าที่ตำรวจจังหวัดคานากาวะ ได้มารวมตัวกัน ที่โรงงานผลิตธนบัตรบริเวณชายแดนจังหวัดนากาโนะและกุนมะ ที่ซึ่งรันและคนอื่นๆ อยู่ เจ้าหน้าที่ตำรวจจังหวัดนากาโนะ ยามาโตะ คันสุเกะ, โมโรฟุชิ ทากาอากิ และอุเอฮาระ ยูอิ พร้อมด้วยเจ้าหน้าที่ตำรวจจังหวัดกุนมะ ยามามูระ มิซาโอะ ได้มารวมตัวกัน วิกฤตการณ์ระดับชาติที่เกิดจากการปลอมแปลงธนบัตรใหม่ถูกแก้ไขด้วยทีมนักแสดงระดับซูเปอร์สตาร์ที่ใหญ่ที่สุดในประวัติศาสตร์ของโคนัน!